В фондах музея более 66000 единиц хранения музейных предметов. «Октоих», изданный в Москве в 1618 году, считался самым древним экспонатом. Недавно новосибирские ученые нашли в собрании рукописную страницу из фолианта, датированного 1570 годом, эпохой правления Ивана Грозного. В  фондах музея представлен первопечатный «Апостол» 1633 года издания и «Псалтирь», выпущенная годом позже.

О деятельности Алтайской духовной миссии рассказывают  Первая алтайская грамматика (1869), издание православного миссионерского общества — «Требник на языке алтайских инородцев»(1890) и повесть А.И. Макаровой–Мирской о жизни и миссионерской деятельности Макария (Невского) «На служении Алтаю» с автографом митрополита Макария от 7 января 1914 года.

В музее 21 тематическая экспозиция, где представлены уникальные православные иконы, кресты, открытки и календари, медное церковное литье, богатое собрание предметов быта: старинной мебели, сундуков, утюгов, а также фотографий ХIХ-ХХI веков.

Посещение музея интересно ещё и зданием 1888 года постройки, в котором удивляют парадные залы,  потайные лестницы в стенах, легендарные погреба. Интерьеры архиерейского дома восстановлены по старым фотографиям и описаниям. Посетители погружаются в давнюю эпоху, когда в Горном Алтае проводила свою просветительскую миссию Русская Православная Церковь.

В музее представлены следующие экспозиции:

• ­Алтайская духовная миссия;
• ­Архиерейская опочивальня;
• ­Архиерейская трапезная;
• ­Белый клобук Алтая;
• ­Бийск православный;
• ­Бийский архиерейский дом;
• ­Бийский Тихвинский монастырь;
• ­За каждым именем - судьба;
• ­Зал миссионерских собраний;
• ­Кабинет бийских архиереев;
• ­Келья схимонаха;
• ­Невинно убиенные;
• ­Православная горница;
• ­Русская старопечатная книга;
• ­Церковное образование на Алтае;
• ­Экспозиционный комплекс «Алтайский аил»;
• ­Экспозиционный комплекс «Певчая Успенского собора М.А. Генералова».

Посещение музея уникально ещё и зданием, в котором он находится. Архитектура, внутреннее оформление комнат, уникальность помещений погружают посетителей в давнюю эпоху, когда в Горном Алтае проводила свою просветительскую миссию Русская православная церковь.

Место нахождения музея было выбрано не случайно. Именно на этом месте в Бийске с 1880 по 1919 года находилось Бийское Архиерейское подворье.

29 августа 1880 г. собрались в Бийске к начальнику миссии миссионеры и из главного стана миссии была принесена главная святыня её, афонская икона великом. Пантелеимона. Торжество, как бы случайно совершилось двойное: воспоминание о прибытии к сему дню в Бийск первого начальника миссии архимандрита Макария (Глухарева), и закладка дома и церкви для третьего начальника оной в лице первого епископа Бийского. Потому к молитве членов миссии присоединилась молитва не одной тысячи бийских христиан после литургии в городском соборе сопровождающих крестный ход на место, где имеет быть не только пребывание епископа Бийского, но и центр Алтайской миссии во втором её 50-летии.

В 1883 г. с учреждением викариатства в Томской епархии и возведением начальника миссии архимандрита Владимира в сан епископа Бийского, викария Томской епархии, город Бийск в делах епархиального управления получил особое значение. Сюда начальник миссии перенёс свою резиденцию из с. Улалы. С этого момента оно стало центром православной жизни Алтая.

Благословение о создании в Бийске Музея было преподано 7 декабря 2005 года Преосвященнейшим Максимом, Епископом Барнаульским и Алтайским.

После благословения на создания музея с 2006 года в дар будущему музею начали поступать экспонаты — иконы, картины по православной тематике, портреты выдающихся алтайских миссионеров и начальников Алтайской духовной миссии, предметы культуры и быта ХIХ – начала ХХ вв. жителей Бийска и Алтайского края, старопечатные церковные книги.

С 20 января 2008 г. в помещениях воскресной школы Свято-Димитриевской церкви Бийска начали формироваться тематико-экспозиционные разделы будущего музея.

А 28 января 2008 года считается датой основания музея. Именно в этот день впервые для посетителей воскресной школы были открыты выставки экспозиций.

Через месяц, в феврале, Преосвященнейший Максим, Епископ Барнаульский и Алтайский принимает решение о передаче для организации музея «Флигеля при Бийском Архиерейском доме», одноэтажного с полуподвалом историческое здания постройки 1906 года.

Окончательно, в залы Бийского архиерейского дома, памятника архитектуры и истории России и Русской Православной Церкви 1888 года постройки, музей переезжает в сентябре 2009 года, где и находится по сей день.

Ежегодно музей проводит до 15 выставок, более 700 экскурсий и принимает до 40 тысяч туристов и паломников. Организует международные и региональные конференции по музееведению. Научные сотрудники ведут научно-исследовательскую деятельность по разным вопросам краеведения, православную летопись Бийска. Готовится путеводитель по Бийскому архиерейскому подворью. Регулярно публикуются научные статьи. Сотрудники выступают на конференциях и в СМИ.

В рамках издательской программы музея выпущено более 40 буклетов по православному краеведению, документальный фильм «Сердце святого Алтая», книги «Православная летопись г. Бийска», «Бийский пастырь», «Успенский кафедральный собор».